Nguyên do cuộc chiến là tranh chấp trong triều đình Nhật Bản để tìm người kế vị cho Shogun (Tướng quân) Ashikaga Yoshimasa. Yoshimasa vì không có con kế nghiệp nên đành chọn người em là Ashikaga Yoshimi, lúc bấy giờ đang tu ở chùa. Yoshimi bèn bỏ chùa, hoàn tục, sửa soạn ra chấp chính. Vào năm 1465, Yoshimasa không ngờ lại sanh con trai, lấy tên là Ashikaga Yoshihisa, gây nên chia rẽ trong Mạc phủ giữa hai anh em Yoshimi và Yoshimasa.[2]

Triều thần Hosokawa thì ủng hộ Ashikaga Yoshimi, tìm cách đưa Yoshimi lên ngôi quyền bính. Yamana thì chống lại, phò ấu quân Yoshihisa. Hai phe khai chiến, đốt phá kinh thành. Shogun Ashikaga Yoshimasa tìm cách can gián nhưng không kiềm chế được. Sang năm 1467 thì các sứ quân ở ngoại trấn cũng nhân dịp đó kết bè cánh thanh toán lẫn nhau để chiếm lấy ưu thế ở địa phương. Cuối cùng không có kẻ thắng người bại vì cả nước đã tan hoang, kiệt sức trong một chuỗi xung đột tưởng như vô tận.[3]